Chaque année, des entreprises innovantes perdent une partie de leur crédit d'impôt recherche lors de contrôles fiscaux. Les redressements peuvent atteindre plusieurs centaines de milliers d'euros, avec pénalités et intérêts de retard. Pourtant, 80% de ces redressements sont évitables avec une préparation adéquate.

Les experts en Financement de l'Innovation de Neoptim, ont identifié les 6 vulnérabilités majeures que l'administration fiscale cible systématiquement.

Sources :

• Guide du Crédit d'Impôt Recherche, MESR
• Article 244 quater B du Code Général des Impôts

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‍Les Enjeux du Contrôle Fiscal CIR

Avec plus de 18 000 entreprises bénéficiaires et une créance globale représentant la première dépense fiscale de l'État, le crédit d'impôt recherche fait l'objet d'une surveillance accrue.

Ce que vous risquez en cas de redressement :

• Remboursement intégral du crédit d'impôt perçu
• Pénalités de 40% du montant redressé
• Intérêts de retard depuis la date de perception
• Contrôles renforcés sur les années suivantes
• Contentieux administratif de 2 à 5 ans

La bonne nouvelle : Un dossier bien préparé selon les 6 points-clés réduit drastiquement le risque de redressement.

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Point-Clé n°1 : Documentation Scientifique Irréprochable

Ce que l'administration vérifie en priorité

Le verrou technologique : Votre projet doit résoudre un obstacle technique que les connaissances disponibles ne permettent pas de surmonter. Sans état de l'art documenté prouvant qu'aucune solution existante ne répondait à votre besoin, votre projet sera rejeté.

La méthodologie scientifique : Les descriptions génériques type "développement d'une application mobile innovante" sont systématiquement rejetées. L'administration exige : hypothèses de départ formalisées, protocoles expérimentaux détaillés, phases de test et d'itération tracées, résultats quantifiés.

Les livrables tangibles : Prototypes physiques ou numériques, code source, rapports d'essais, cahiers de laboratoire. Ces preuves matérielles doivent être conservées 3 ans et accessibles sous 48h.

Checklist express

• ✓ Fiche-projet de 3-5 pages minimum par projet majeur
• ✓ État de l'art avec références externes (concurrents, publications scientifiques)
• ✓ Démonstration du verrou selon le Manuel de Frascati
• ✓ Feuilles de temps individualisées par collaborateur

❌ Si un élément manque → Votre projet est vulnérable

Sources :

• Guide du Crédit d'Impôt Recherche, MESR
• Manuel de Frascati, OCDE

Pour aller plus loin : Notre expertise Financement de l'Innovation

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Point-Clé n°2 : Calcul Précis des Charges Éligibles

Les 4 erreurs de calcul les plus fréquentes

1. Surévaluation des temps R&D

L'administration confronte vos temps déclarés avec les phases réelles du projet. Déclarer 220 jours R&D pour un projet livré en 3 mois déclenche un redressement automatique.

2. Inclusion de dépenses non éligibles

Les activités de production, commercialisation, marketing ou maintenance ne sont JAMAIS éligibles, même pour un produit innovant.

3. Oubli de déduction des subventions publiques

Toutes les aides publiques (BPI France, ADEME, subventions régionales, Europe) DOIVENT être déduites de votre assiette CIR. Cette erreur est considérée comme une surévaluation volontaire.

4. Prestataires non agréés

Seuls les organismes agréés par le Ministère de la Recherche sont éligibles au CIR. Vérifiez l'agrément de TOUS vos sous-traitants.

Checklist express

• ✓ Feuilles de temps réelles (pas d'estimation globale)
• ✓ Tous vos prestataires possèdent l'agrément MESR
• ✓ Toutes les subventions publiques sont déduites
• ✓ Séparation claire entre R&D et production

Sources :

• Article 244 quater B du Code Général des Impôts
• BOFiP-BIC-RICI-10-10

Complétez votre financement : Subventions Innovation

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Point-Clé n°3 : Cohérence Comptable Parfaite

L'administration confronte systématiquement votre déclaration CIR avec votre comptabilité. Une seule divergence non justifiée déclenche un contrôle approfondi.

Ce qui est vérifié

• Grand livre comptable vs déclaration 2069-A-SD
• Factures de sous-traitance vs montants déclarés
• Bulletins de paie vs ETP en R&D
• Amortissements vs équipements R&D déclarés

Checklist express

• ✓ Tableau de correspondance grand livre / déclaration CIR
• ✓ Toutes les factures sont acquittées et archivées
• ✓ Contrats de sous-traitance avec organismes agréés
• ✓ Cohérence entre temps déclarés et effectifs totaux

Sources :

• Livre des Procédures Fiscales, article L.13

Optimisez aussi votre Fiscalité Locale et votre Fiscalité de l'Énergie

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Point-Clé n°4 : Dossier de Preuves Complet

Délai de réponse en cas de contrôle : 30 jours

Sans preuves matérielles, même des travaux réellement effectués seront rejetés. La charge de la preuve vous incombe intégralement.

Documents obligatoires (conservation 3 ans)

• Rapports techniques détaillés par projet
• Prototypes physiques ou numériques conservés
• Cahiers de laboratoire chronologiques
• Résultats de tests avec données quantitatives
• Spécifications techniques, plans, schémas
• Éléments de propriété intellectuelle

Test rapide

Pouvez-vous produire ces documents sous 48h pour chaque projet déclaré ?

• ❌ Non → Vous êtes vulnérable à un redressement total
• ✓ Oui → Votre dossier résistera au contrôle

Sources :

• Livre des Procédures Fiscales, articles L.57 et L.169

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Point-Clé n°5 : Respect des Critères d'Éligibilité

Les 5 critères cumulatifs du Manuel de Frascati

Votre projet DOIT satisfaire simultanément ces 5 critères :

1. Nouveauté : création de connaissances nouvelles
2. Créativité : concepts et hypothèses nouveaux
3. Incertitude : résultat incertain au départ
4. Systématique : démarche planifiée et budgétée
5. Transférable/reproductible : possibilité de reproduire les résultats

Test d'éligibilité express

Pour chaque projet, posez-vous ces 4 questions :

1. Existait-il une solution technique accessible au démarrage ? (Si OUI → Non éligible)
2. Avez-vous suivi une démarche expérimentale avec tests ? (Si NON → Non éligible)
3. Avez-vous acquis des connaissances nouvelles ? (Si NON → Non éligible)
4. Étiez-vous certain d'atteindre l'objectif au début ? (Si OUI → Non éligible)

Un seul "NON" à la mauvaise question = projet non éligible

Les activités qui sont exclues à chaque fois

• Activités de production courante
• Études de marché et développement commercial
• Maintenance et amélioration continue sans verrou technique
• Variations commerciales d'un produit existant

Sources :

• Manuel de Frascati, OCDE
• BOFiP-BIC-RICI-10-10-10-20

Point-Clé n°6 : Cohérence Globale des Déclarations

L'administration croise TOUTES vos déclarations via datamining. Une incohérence entre votre CIR et vos autres documents déclenche un contrôle ciblé.

Ce qui est systématiquement croisé

Vos déclarations fiscales et sociales

• Liasse fiscale, TVA, DSN, impôt sur les sociétés

Vos dossiers de financement public

• BPI France, ADEME, subventions régionales/européennes

Vos communications publiques

• Site web, communiqués de presse, rapports annuels, LinkedIn

Votre statut JEI (si applicable)

• Les dépenses CIR doivent représenter au moins 15% des charges

Les 3 incohérences qui déclenchent un contrôle

1. Effectifs R&D divergents entre CIR, dossiers de subventions et JEI
2. Montants de dépenses R&D différents entre CIR, liasse fiscale et demandes de financement
3. Projets non mentionnés : innovations commerciales absentes du CIR, ou projets CIR absents de toute communication

Checklist express

• ✓ ETP R&D identiques partout (CIR, JEI, subventions)
• ✓ Montants R&D cohérents avec votre compte de résultat
• ✓ Projets CIR mentionnés dans vos dossiers de financement
• ✓ Innovations commerciales = projets R&D déclarés

Sources :

• Article 44 sexies-0 A du CGI (Statut JEI)

Optimisez aussi : Charges Sociales | AT/MP

→ Audit de cohérence globale

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Témoignages Clients

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L'Accompagnement Neoptim : 16 Ans d'Expertise

Nos résultats clients

• Plus de 98  de nos demandes de remboursement sont validées
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Notre méthodologie en 4 étapes

1. Identification des projets et dépenses éligibles

On analyse vos activités pour détecter toutes les opportunités de financement.

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2. Estimation des enjeux

Nous estimons précisément le montant des aides auxquelles vous pouvez prétendre.

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3. Jusitification scientifique, financière et technique

Nos experts rédigent les documents justificatifs exigés par l’administration, dans un langage clair et conforme aux exigences pour sécuriser vos déclarations.

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4. Accompagnement en cas de contrôle fiscal

En cas de vérification, nous sommes à vos côtés pour défendre votre dossier.

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Notre approche globale : Nous analysons l'ensemble de vos opportunités d'optimisation fiscale pour maximiser vos économies.

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Questions Fréquentes

Puis-je récupérer le CIR rétroactivement ?

Oui, jusqu'à 3 ans en arrière. Neoptim accompagne régulièrement des entreprises dans la récupération de crédits d'impôt non déclarés.

Quelles sont les principales causes de redressement ?

1. Défaut de justification technique (60% des cas)
2. Erreurs de calcul des dépenses (25% des cas)
3. Manque de traçabilité (15% des cas)

Puis-je cumuler CIR et CII ?

Oui, une PME peut cumuler les deux dispositifs, mais une même dépense ne peut pas être valorisée deux fois.

Quel est le délai de déclaration ?

Pour les sociétés IS : 15 du 4ème mois suivant la clôture (généralement 15 mai pour un exercice clos au 31/12).

Puis-je cumuler avec d'autres optimisations fiscales ?

Oui, le CIR est cumulable avec avec d'autres leviers de défiscalisation : Aides et Subventions | Charges sociales et fiscales | Fiscalité Locale | Fiscalité de l'Énergie

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Qu'attendez-vous pour sécuriser votre CIR ?

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